A Superintendência de Fiscalização é uma unidade administrativa integrante do Nível de Execução Programática da SEMA, vinculada ao Gabinete da Secretaria Adjunta de Gestão Ambiental, e tem como missão promover o cumprimento e adequação às normas ambientais através das ações de fiscalização, orientação e aplicação das medidas coercivas nos casos previstos em lei, cujas competências são:

I - planejar, executar e avaliar a fiscalização de empreendimentos e atividades efetiva ou potencialmente poluentes e o uso ou exploração dos recursos naturais;

II - subsidiar a elaboração e atualizações normativas inerentes às ações de fiscalização;

III - supervisionar as atividades de fiscalização ambiental do Estado;

IV - promover a elaboração de planos de fiscalização em conjunto com as demais superintendências e órgãos afins;

V - propor, subsidiar e supervisionar ações de prevenção e controle de desmatamentos e queimadas;

VI - propor estratégias de prevenção e controle de desmatamentos e queimadas;

VII - disponibilizar dados e informações das ações de fiscalização para subsidiar o planejamento estratégico da SEMA;

VIII - planejar ações de monitoramento e fiscalização de áreas e empreendimentos embargados;

IX - promover a consolidação dos resultados das operações de fiscalização, divulgando seus relatórios e estatísticas;

X - exercer outras competências correlatas, formalmente atribuídas.

Atualmente a Superintendência de fiscalização encontra-se distribuída em três Coordenadorias, cada uma delas com suas missões específicas.

Coordenadoria de Fiscalização de Empreendimentos;

Coordenadoria de Fiscalização de Fauna e Flora;

Coordenadoria de Bens e Produtos Retidos;

Muito embora a Superintendência de Fiscalização tenha o condão de exercer a fiscalização ambiental em todo o Estado, na SEMA existem outros departamentos que auxiliam no processo de comando e controle por meio da prevenção e repressão a infrações ambientais, sendo exercidas concorrentemente em nível da administração regionalizada pelas Diretorias de Unidades Desconcentradas e Gerências de Unidades de Conservação Estaduais, sendo distribuídas da seguinte forma:

1. Diretoria de Unidade Desconcentrada de Cáceres
2. Diretoria de Unidade Desconcentrada de Barra do Garças
3. Diretoria de Unidade Desconcentrada de Juína
4. Diretoria de Unidade Desconcentrada de Rondonópolis
5. Diretoria de Unidade Desconcentrada de Sinop
6. Diretoria de Unidade Desconcentrada de Tangará da Serra
7. Diretoria de Unidade Desconcentrada de Alta Floresta
8. Diretoria de Unidade Desconcentrada de Guarantã do Norte
9. Diretoria de Unidade Desconcentrada de Aripuanã
10. Diretoria de Unidade Desconcentrada de Vila Rica
11. Diretoria de Unidade Desconcentrada de Juara
12. Gerência Regional Parque Estadual Serra Azul
13. Gerência Regional Refúgio de Vida Silvestre Quelônios do Araguaia e Corixão da Mata Azul
14. Gerência Regional Estação Ecológica Rio Ronuro e Reserva Ecológica Culuene
15. Gerência Regional Parque Gruta da Lagoa Azul
16. Gerência Regional Parque Estadual do Araguaia
17. Gerência Regional Parque Águas do Cuiabá e APA Cabeceiras do Rio Cuiabá
18. Gerência Regional Parque Estadual Dom Osório Stoffel
19. Gerência Regional Parque Estadual Tucumã, Estação Ecológica do Rio Madeirinha e Estação Ecológica do Rio Roosevelt
20. Gerência Regional Parque Estadual Santa Bárbara
21. Gerência Regional Parque Estadual Serra de Ricardo Franco
22. Gerência Regional Parque Estadual do Cristalino
23. Gerência Regional Parque Estadual do Xingu
24. Gerência Regional Parque Estadual do Guirá
25. Gerência Regional Parque Estadual Igarapés do Juruena
26. Gerência Regional Parque Estadual Encontro das Águas
27. Gerência Regional do Monumento Natural Morro de Santo Antônio
28. Gerência Regional da Reserva Extrativista Guariba Roosevelt
29. Gerência Regional Estradas Parques
30. Gerência Regional APA Estadual Chapada dos Guimarães
31. Gerência Regional APA Salto Magessi
32. Gerência Regional APA Nascentes do Rio Paraguai

As ações desenvolvidas pela Superintendência de Fiscalização são articuladas conjuntamente com diversas instituições, que possuem atividades voltadas para a proteção do meio ambiente, no sentido de otimizar resultados, contribuindo mais efetivamente para o alcance da conservação ambiental.

 - Batalhão de Polícia Militar de Proteção Ambiental – BPMPA/PMMT

- Centro Integrado de Operações Aéreas – CIOPAER/SESP

- Delegacia Especializada de Meio Ambiente – DEMA/PJC

- Instituto de Defesa da Agropecuária – INDEA/MT

- Batalhão de Emergências Ambientais – BEA/CBM

- Polícia Técnica – POLITEC

As equipes de fiscalização, em seu desiderato de proteção ao meio ambiente, por meio do poder de polícia utilizam-se de todas as ferramentas legais para o alcance de sua missão, dentre elas a aplicação das seguintes medidas administrativas:

• advertência;
• multa simples;
• multa diária;
• apreensão dos animais, produtos e subprodutos da fauna e flora, instrumentos, petrechos, equipamentos ou veículos de qualquer natureza utilizados na infração;
• destruição ou inutilização do produto;
• suspensão de venda e fabricação do produto;
• embargo de obra ou atividade;
• demolição de obra;
• suspensão parcial ou total de atividades;
• restritiva de direitos.

As ações de fiscalização são desdobradas com vistas a garantir o pleno deleite do artigo 225 da Constituição Federal, quando apregoa que "Todos têm direito ao meio ambiente ecologicamente equilibrado, bem de uso comum do povo e essencial à sadia qualidade de vida, impondo-se ao Poder Público e à coletividade o dever de defendê-lo e preservá-lo para as presentes e futuras gerações", desenvolvendo medidas de proteção à fauna e flora, assim como ações de fiscalização a empreendimentos potencial ou efetivamente poluidores, usuários de água, dentre outras atividades.