O rio São João Grande nasce na Serra do Roncador. Até a estação suas águas drenam somente terras do município matogrossense de Ribeirão Cascalheira. É afluente pela margem esquerda do rio das Mortes, que deságua no rio Araguaia pela margem esquerda. Principal afluente pela margem direita: ribeirão São José. Principais afluentes pela margem esquerda: ribeirão Barreirão; córrego Gengibre e da Banana.
Comprimento do rio da nascente até o local da estação: 68 km.
Comprimento do rio da estação até foz: 105 km.
Altitude máxima do curso d’água = 400 m.
Altitude mínima aproximada do curso d’água até a estação = 300 m.
NATUREZA E INCLINAÇÃO DAS MARGENS: arenosa, com a margem direita com media inclinação e a margem esquerda com grande inclinação.
NATUREZA DO LEITO: Rochoso.
Baixe o arquivo em anexo da REDE DE MONITORAMENTO HIDROLÓGICO DA SEMA.
Acesso a Estação Fazenda São João no site Agencia Nacional de Águas (ANA).