Atualmente Mato Grosso possui 43 Unidades de Conservação Estaduais (UCs), sendo 31 de Proteção Integral (PI) e 12 de Uso Sustentável (US).
O Bioma Amazônia reúne 16 UCs (15 PI, 01US), o Bioma Cerrado 20 UCs (13 PI, 07 US) e o Bioma Pantanal somente 06 (03 PI, 03 US). Do total de UCs estaduais 04 são indicadas como Estrada Parque, uma categoria de Uso Sustentável instituída pelo Sistema Estadual de Unidades de Conservação (Lei nº 1795, 04.11.1997). Três são Parques Estaduais estão localizados no perímetro urbano de Cuiabá - PE Mãe Bonifácia, PE Massairo Okamura e PE Zé Bolo Flô.
A CMRAD é o setor responsável pela recuperação das áreas degradadas dentro das UCs. Com base nos dados sobre degradação produzidos pelo ProAE/CEMSIPAM a CMRAD poderá definir as ações de recuperação para as UCs estaduais. A primeira medida a ser tomada é o desenvolvimento de um diagnóstico ambiental das áreas sob degradação, observando os agentes de degradação, o impacto e as possibilidades de recuperação. Com base nestas informações deverá ser elaborado um Plano de Recuperação de Áreas Degradadas (PRAD) específica para cada UC sob estudo.
A APA Nascentes do Rio Paraguai, localizada em parte dos municípios de Alto Paraguai e Diamantino, será a primeira UC com ações de recuperação implantadas em Mato Grosso. O Projeto de conservação e recuperação das matas ciliares da bacia hidrográfica do Paraguai. APA Nascentes do Rio Paraguai, coordenado pela SEMA e financiado pelo Fundo de Desenvolvimento Florestal do Estado de Mato Grosso (MT-Floresta) e Ministério do Meio Ambiente (MMA), tem previsão de início de execução em janeiro de 2010.
Considerando o número insuficiente de técnicos e de veículos, atualmente a CMRAD optou por contratar empresa com profissionais habilitados a promover a recuperação das áreas degradadas nas UCs. Em 2009 estão em tramitação três processos licitatórios para seleção de empresas que deverão realizar o diagnóstico ambiental e propor um PRAD para os PE Serra Azul, PE Águas do Cuiabá e REE do Culuene. Estas áreas foram selecionadas em função da sua completa regularização fundiária.
